在RNA提取過(guò)程中，基因組DNA的污染是一個(gè)常見(jiàn)的問(wèn)題，會(huì)對(duì)后續(xù)實(shí)驗(yàn)帶來(lái)諸多不利影響。因此，去除基因組污染是確保獲得質(zhì)量更高的核酸樣品的關(guān)鍵步驟。下面慧慶小編將詳細(xì)闡述核核酸提取去除基因組污染的原因和方法。
  

  一、RNA提取去除基因組污染的原因

  

  1. 基因組污染影響RNA純度和實(shí)驗(yàn)準(zhǔn)確性

  
  當(dāng)提取目標(biāo)是RNA時(shí)，基因組DNA的污染會(huì)嚴(yán)重影響RNA樣品的純度。DNA和RNA在化學(xué)性質(zhì)上相似，很難完全分離。如果RNA樣品中存在DNA污染，在進(jìn)行反轉(zhuǎn)錄、PCR或其他分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)時(shí)，DNA就會(huì)被無(wú)意放大，從而干擾實(shí)驗(yàn)結(jié)果，導(dǎo)致數(shù)據(jù)失真。
  

  2. 基因組污染干擾RNA功能研究

  
  RNA不僅是遺傳信息的載體，也在細(xì)胞中承擔(dān)了各種調(diào)控功能。如果RNA樣品被基因組DNA污染，將難以準(zhǔn)確評(píng)估RNA的表達(dá)水平和活性，從而影響對(duì)RNA功能的研究。例如，在研究RNA干擾、RNA編輯等領(lǐng)域，DNA污染會(huì)造成實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的偏差。
  

  3. 基因組污染妨礙基因表達(dá)譜分析

  
  基因表達(dá)譜分析是研究基因表達(dá)調(diào)控的重要手段，需要利用質(zhì)量較高的RNA樣品。如果RNA受到基因組DNA的污染，不僅會(huì)影響基因表達(dá)數(shù)據(jù)的準(zhǔn)確性，還可能導(dǎo)致假陽(yáng)性結(jié)果的出現(xiàn)，從而干擾對(duì)基因表達(dá)模式的解讀。
  

  4. 基因組污染降低RNA測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量

  
  近年來(lái)，轉(zhuǎn)錄組測(cè)序(RNA-seq)技術(shù)的廣泛應(yīng)用，對(duì)RNA樣品的純度提出了更高的要求。RNA樣品中的DNA污染會(huì)導(dǎo)致測(cè)序數(shù)據(jù)中出現(xiàn)大量無(wú)關(guān)讀段，降低有效數(shù)據(jù)的比例，影響后續(xù)的生物信息學(xué)分析。因此，去除DNA污染對(duì)于獲得質(zhì)量更高的RNA-seq數(shù)據(jù)尤為重要。

  二、RNA提取去除基因組污染的方法

  
  1. 優(yōu)化裂解條件：可以通過(guò)加強(qiáng)機(jī)械裂解力度、延長(zhǎng)裂解時(shí)間、提高裂解溫度等方式來(lái)優(yōu)化裂解條件，確保細(xì)胞核釋放出基因組DNA。對(duì)于堅(jiān)硬的細(xì)胞種類(lèi)，還可以使用裂解試劑或酶。
  
  2. 增加蛋白酶用量和作用時(shí)間：適當(dāng)增加蛋白酶的用量和作用時(shí)間，可以確保蛋白質(zhì)被充分降解，從而減少基因組DNA與蛋白質(zhì)復(fù)合物的形成，從而去除污染。
  
  3. 使用DNA酶處理：在RNA提取過(guò)程中，可以使用DNA酶(如DNase I)對(duì)樣品進(jìn)行處理，選擇性地降解殘留的基因組DNA,從而去除污染。
  
  4.提高操作環(huán)境的潔凈度：在整個(gè)核酸提取過(guò)程中，保持良好的無(wú)菌操作習(xí)慣和潔凈的實(shí)驗(yàn)環(huán)境很重要。這可以有效避免外源性基因組DNA的污染。例如，使用無(wú)核酸酶的plastic制品、常規(guī)紫外線照射工作臺(tái)面等。
  
  RNA提取去除基因組污染的原因和方法就為大家介紹完了，希望對(duì)您有所啟發(fā)。想要了解更多核酸提取信息，或者有核酸提取試劑、生物磁珠、自動(dòng)提取儀等采購(gòu)需求，可留言或者電話聯(lián)系我們。